日菲劃界協議的形式合法性與實質侵權風險：即便日菲兩國針對專屬經濟海域（EEZ）的劃界協議在國際法程序上看似合法，但若其實際劃定範圍納入了台灣的東海專屬經濟海域，將構成對我國主權權利的實質侵害。

三國海域重疊帶來的權利衝突：在台灣、日本、菲律賓三方專屬經濟海域高度重疊的地理現況下，日菲雙邊協議是否越權處置了涉及三方爭議的重疊區域，是影響我國海權的關鍵。

國際法「條約對第三國無損無益」原則的實務侷限：雖然法理上條約不應損及第三國權利，但在缺乏我方參與的情況下，日菲兩國若就爭議部分達成協議，將在實務上對我國專屬經濟區的主權權利造成既定事實的負面影響。

主張台灣參與談判的必要性：由於我國無法掌握日菲雙邊劃界的具體基準與協商細節，若被排斥在談判機制之外，將難以防範雙方對我方主張之海域進行實質瓜分。

關注協議是否避開爭議區域：必須嚴格檢視日菲協議的內容，究其僅針對「無爭議海域」進行劃定，還是假借雙邊名義，處理了實質涉及我國主權權利的「爭議海域」。